Trong Act 1 của chiến dịch (thiết lập ngay sau kết thúc của Tiberian Sun), Kane vào một hầm chứa sâu trong lớp vỏ Trái Đất để chữa lành các tổn thương được che dưới cái mặt nạ của ông. Ông chỉ thị người chơi bắt đầu cuộc nổi dậy ở Rio (Rio Insurrection) bằng cách loại bõ sự hiện diện của GDI trong khu vực. Sau khi người chơi thành công, Kane thông báo cho người chơi về kế hoạch của ông để thống nhất các phe phái ly khai của Nod. Kể từ khi ông không thể lộ mình với thế giới, ông chọn Brother Marcion, lãnh đạo mới của "Black Hand" để truyền đạt ý chí của Kane cho Brotherhood. Người chơi sau đó sẽ dụ Marcion ra và bắt giữ. Đưa đi gặp Kane, Marcion quay trở lại Brotherhood khi Kane tiết lộ mình với ông ta, và loại bỏ mặt nạ của mình, cho thấy khuôn mặt không sẹo. Kane sau đó ra lệnh người chơi phá hủy một cơ sở Tiberium lỏng ở vùng hẻo lánh của Úc như là "một hành động lớn" để các phe phái li khai còn lại gia nhập.

Trong Act 2 (đặt trước và trong các sự kiện của Tiberium Wars), Kane bắt đầu trình bày phương án phá hủy GDSS Philadelphia, chỉ huy người chơi, LEGION để đánh cắp các kế hoạch của mạng lưới Ion Cannon. Vì sự hủy diệt của Philadelphia sẽ loại bỏ hầu hết các lãnh đạo của GDI, Kane dự đoán rằng Redmond Boyle sẽ trở thành con tốt của ông và trở thành Giám đốc của GDI, để kích động trong tương lai vụ nổ chất lỏng Tiberium. Người chơi cũng được ra lệnh bắt giữ Tiến sĩ Alphonse Giraud từ cơ sở nghiên cứu của ông, giải thích sự biến mất của ông này trong chiến dịch GDI của C&C3. Sau đó, Nữ tu viện trưởng Alexa Kovacs đã đưa ra quan điểm cho rằng Tướng Kilian Qatar là một kẻ phản bội Kane, và lên kế hoạch làm mất uy tín của Qatar bằng cách tấn công đền Temple Prime trong vỏ bọc của Quatar, sau đó rò rỉ công nghệ Ion Disruptor cho GDI, khiến Qatar bị xử tử theo mệnh lệnh của Kane. Cô tiết lộ nỗi sợ hãi và nghi ngờ của cô về LEGION, và về LEGION kết nối với Tacitus trong một đoạn phim cắt cảnh trước một nhiệm vụ và cũng nói với người chơi (LEGION) là người máy của CABAL sát hại gia đình cô, và lo lắng là LEGION dựa trên cùng một công nghệ đã tạo ra và chạy CABAL. Sau khi Tacitus được đảm bảo trong một nhiệm vụ, Alexa vì đau khổ đã mất đi sự lạnh lùng của cô và làm nhiễm vào lõi hệ thống của LEGION với một virus máy tính mạnh mẽ, trong khi la hét: "Ta không thể cho phép ngươi kết nối với Tacitus! Ta sẽ không cho phép ngươi mở ra thời đại của máy móc. Ta sẽ không là nô lệ của người! Ta sẽ không!". Virus phá hủy hệ thống của LEGION, và Kane được cảnh báo về sự lây nhiễm của LEGION và Nữ tu viện trưởng Alexa là người đã thực hiện điều đó. Kane cũng phát hiện rằng Alexa tấn công đền Temple Prime trong vỏ bọc của Killian và chính ông đã xử tử Kilian với một tội ác mà cô đã không làm. Alexa cướp một khẩu súng lục từ một trong những vệ sĩ khi cô sắp bị đem đi để thẩm vấn và nhắm vào Kane với nó. Chỉa khẩu súng vào đầu, cô hét lên phương châm của Nod "Hòa bình qua quyền lực" (Peace throught power) và sau đó tự sát bằng cách bắn vào đầu mình, khi mà LEGION bị tắt đi.

Trong Act 3 và cuối cùng, LEGION thức dậy 5 năm sau đó trong giai đoạn hậu Thrid Tberium War, và Kane tập trung vào việc phục hồi Tacitus. GDI đã can thiệp với thiết bị, làm cho nó trở nên rất không ổn định; Kane cần Tacitus cho kế hoạch tổng thể của mình, vì vậy ông ra lệnh người chơi đến đánh thức Marked of Kane, một đôi quân người máy mà chỉ có LEGION có khả năng kiểm soát do liên kết của nó với CABAL. Với sự kích hoạt thành công, Kane sau đó sẽ phái người chơi thu hồi Tacitus từ NORAD của GDI. Sau khi chiếm giữ thành công Tacitus, Kane nối nó với LEGION, và AI sẽ liên kết với kiến thức rộng lớn của vật thể, kết thúc trò chơi như là một câu chuyện cho đến phút cuối cùng vẫn chưa rõ kết cục. Video kết thúc cho thấy một đảo ngược của video giới thiệu chiến dịch của Scrin trong C&C 3, và một tin nhắn ngụ ý rằng Scrin sau đó sẽ cố gắng gửi một lực lượng xâm lược đầy đủ, tương tự như những gì Overlord của Scrin nói vào cuối chiến dịch Scrin trong C&C 3 gốc.

Diễn viên

• Joseph D. Kucan đóng vai Kane

Kane đã trở lại, và lần này, nhà tiên tri tự xưng là trung tâm của sự chú ý. Nhà lãnh đạo tối cao của Nod tập trung vào đề án mới của mình, chủ yếu liên quan đến các LEGION và Tacitus.

Ông cũng chủ mưu một số sự kiện trong Tiberium Wars, chẳng hạn như chọn Redmond Boyle là giám đốc hoạt động của GDI.

• CABAL/LEGION

CABAL, AI của Nod nổi loạn sau Second Tiberium War, lại xuất hiện trong trò chơi với một hình thức mới gọi là LEGION. Kane có kế hoạch sử dụng thiên tài chiến thuật chưa từng có của LEGION và kết nối của nó với Tacitus để đạt được mục tiêu của mình. LEGION được điều khiển bởi người chơi trong cùng một cách như là Tư lệnh GDI/Nod hay Scrin Foreman trong chiến dịch của Tiberium War. Nó cho thấy một khả năng bẩm sinh để kết nối với tín hiệu của Tacitus và giao diện với chính thiết bị.

LEGION được xây dựng bởi Kane dựa trên cơ sở cũ của CABAL, hỗ trợ bởi một trong những trợ lý của ông, Nữ viện trưởng Alexa Kovacs. Theo kết quả của từ nguồn gốc là CABAL, khuôn mặt của CABAL nhấp nháy trên màn hình của LEGION vài lần trong chiến dịch, gây đau khổ cho Alexa. Alexa cho thấy một mối ngờ vực sâu sắc với LEGION vì cha mẹ của cô đã bị giết bởi người máy của CABAL. Trong hành động cuối cùng trước khi bị bắt bởi Kane, cô ấy phá vỡ đường liên kết của LEGION với Tacitus bằng cách tiêu diệt hệ thống lõi của LEGION, và sau đó, khi bị bắt, cướp một khẩu súng từ một trong những vệ sĩ và tự sát với nó. LEGION hồi sinh trong nhiều năm sau đó và nhận được một tín hiệu được truyền từ thiết bị Tacitus mà theo Kane, chỉ có LEGION có thể phát hiện. Kane lệnh LEGION sử dụng còn lại của quân đội người máy CABAL, nay là Marked of Kane, để đòi lại Tacitus từ GDI và LEGION được hiển thị là liên kết với một số lượng lớn các kiến thức từ thiết bị, và trò chơi kết thúc.

• Carl Lumbly đóng vai Brother Marcion

Một nhân vật mới của Nody. Sau khi Kane được cho là đã chết vào cuối Second Tiberium War, Đặc vụ bí mật của GDI đã thành công trong việc thuyết phục Marcion rằng Kane không phải là nhà tiên tri thật. GDI cũng bí mật sắp xếp vụ ám sát nhà lãnh đạo của Black Hand là Anton Slavik, do đó, Marcion có thể đứng ra thay thế. Cuối cùng LEGIOn đánh bại lực lượng của Marcion và bắt giữ ông ta. Kane tiết lộ mình với Marcion, và đưa Black Hand trở lại Brotherhood.

• Natasha Henstridge đóng vai Kovacs Alexa

Một thành viên khác của Brotherhood of Nod. Natasha Henstridge cho rằng Alexa đang thao túng Kane. Do cha mẹ của Alexa bị giết bởi người máy của CABAL nên thái độ căm ghét của cô với LEGION phát triển từ nhiệm vụ này đến nhiệm vụ khác, cho đến khi cô cuối cùng phản bội Kane và nỗ lực để tiêu diệt LEGION bằng việc lây nhiễm với một virus máy tính, nhưng bị bắt và phải tự sát.